商铺转租付款方式需由租赁双方协商确定，并在转租合同中明确约定。

在商铺转租过程中，付款方式的确定对于保障双方的权益至关重要。一般来说，转租双方可以根据实际情况选择一次性付款、分期付款或其他灵活的付款方式。一次性付款即转租方在签订转租合同时，一次性将全部租金支付给出租方，这种方式简单明了，适合租金总额不大且双方信任度较高的情况。然而，对于租金总额较高或转租方资金压力较大的情况，分期付款则更为合适。分期付款允许转租方按照约定的时间和比例分次支付租金，既减轻了转租方的资金压力，也确保了出租方能够逐步收回租金。

除了上述两种常见的付款方式外，转租双方还可以根据具体情况选择其他灵活的付款方式。例如，可以采用押一付三、押一付六等方式，即转租方在签订合同时支付一定数额的押金，并同时支付一定期限的租金。这种方式有助于出租方控制风险，确保转租方能够按时履行合同义务。同时，转租双方还可以在合同中约定租金调整机制，以适应市场变化或双方经营情况的变化。

在确定付款方式时，转租双方应充分考虑各自的实际情况和需求，并进行充分的沟通和协商。转租方应确保自己有足够的资金支付租金，避免因资金不足而导致合同违约。出租方则应关注转租方的资信状况和履约能力，确保租金能够按时足额收回。同时，双方还应在转租合同中明确约定付款时间、付款金额、付款方式等具体细节，以避免后续产生纠纷。

总之，商铺转租付款方式的确定需要转租双方根据实际情况进行协商和约定，并在转租合同中明确表述。双方应充分沟通、诚信合作，确保转租过程的顺利进行和双方权益的有效保障。